正因如此，在临床具体实施时，3PN胚胎往往被认为具有较低的移植价值。1. 流产率高：3PN胚胎因遗传物质的异常，纵然成功着床，也容易发生自然流产。这是因为在胚胎发育过程中，异常的遗传物质会影响细胞的正常分裂和分化，引发胚胎无法继续健康发育。2. 生化妊娠概率增加：生化妊娠是指受精卵成功着床后，仅能在血液中检测到人绒毛膜促性腺激素，但在子宫内未能观察到孕囊的情况。3PN胚胎根源在于其内在的不稳定性，更容易发生这种现象，即胚胎虽然着床，但很快就会停止发育，第一核心目的被母体吸收。
3. 胎儿畸形风险：如果3PN胚胎能够发展到胎儿阶段，其携带的遗传缺陷可能引发胎儿出现各种畸形，严重者甚至会威胁到母亲的生命安全。基于此因，从伦理和安全的角度出发，医生通常不建议将3PN胚胎进行移植。面对3PN胚胎，医生和患者需要综合考虑多方面的因素，包括但不限于患者的年龄、卵巢储备功能、既往治疗经历以及心理承受能力等。在部分场景里，如果患者经历了多次常规胚胎移植失败，且没有其他可用的优质胚胎，可能会考虑尝试移植3PN胚胎从目标来看的尝试，但这需要患者充分了解相关风险，并在专业医生的指导下做出决定。
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